Software
Nell’analisi con microarrays di DNA una delle parti più difficili è stata tradizionalmente quella dell’analisi dei dati, che a differenza di altre tecniche risultano una mole imponente.
Agilent per propria tradizione ha sempre privilegiato strumenti e software dall’uso semplice e studiati per inserirsi in un flusso di lavoro aumentando la produttività. Anche gli strumenti di analisi e interpretazione dei dati che Agilent fornisce a chi fa genomica basata su arrays si inseriscono in questa tradizione.
Il primo step di qualsiasi analisi dei dati forniti da un array è la corretta acquisizione ed interpretazione dell’immagine fornita dallo scanner.
Agilent per propria tradizione ha sempre privilegiato strumenti e software dall’uso semplice e studiati per inserirsi in un flusso di lavoro aumentando la produttività. Anche gli strumenti di analisi e interpretazione dei dati che Agilent fornisce a chi fa genomica basata su arrays si inseriscono in questa tradizione.
Il primo step di qualsiasi analisi dei dati forniti da un array è la corretta acquisizione ed interpretazione dell’immagine fornita dallo scanner.
FEATURE EXTRACTION Software
Il Feature Extraction Software che fa parte della fornitura dello scanner è quanto di più semplice e incisivo:
Applicazioni e condivisione tecniche su opengenomics
Vedi come funziona!
E se vuoi puoi provarlo gratuitamente per 30 giorni!
Il Feature Extraction Software che fa parte della fornitura dello scanner è quanto di più semplice e incisivo:
- Acquisizione in automatico di fino a 100 immagini per un lavoro ininterrotto;
- Posizionamento automatico delle griglie, determinazione del numero di arrays indipendenti, calcolo automatico di tutti i dati statistici necessari: intensità assolute e rapporti tra i due colori, segnalazione dei pixel eventualmente outliers, cacolo delle confidenze;
- Produzione di un report di controllo qualità;
- Generazione di file estratti compatibili con tutti i più importanti sofware di analisi
Applicazioni e condivisione tecniche su opengenomics
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E se vuoi puoi provarlo gratuitamente per 30 giorni!
GENESPRING
Genespring è una piattaforma completa che permette di gestire grandi quantità di dati in visualizzazione, analisi, e confronto, fino a evidenziare percorsi e a correlare dati biologicamente rilevanti tra di loro.
La piattaforma gestisce dati provenienti da più applicazioni e li collega tra loro:
Scopri di più al sito Agilent
Applicazioni e condivisione tecniche su opengenomics
Segui uno dei nostri tutorial
Scarica il Free Demo per 15 giorni!
Genespring è una piattaforma completa che permette di gestire grandi quantità di dati in visualizzazione, analisi, e confronto, fino a evidenziare percorsi e a correlare dati biologicamente rilevanti tra di loro. La piattaforma gestisce dati provenienti da più applicazioni e li collega tra loro:
- Genespring GT per gestire grandi volumi di dati da genotipizzazione;
- Genespring GX analisi di risultati di espressione genica anche da più fonti;
- Possibilità di estrarre associazioni da dati pubblicati in letteratura;
- Dati organizzati in base all’esperimento; risultati organizzati su base cronologica o gerarchica
- Funzioni statistiche avanzate (t-test, ANOVA ad una, due o tre dimensioni, ecc..);
- Grande scelta di strumenti per visualizzazione grafica (2D scatter plot, istogrammi, volcano plots, matrici a punti, diagrammi di Venn, fogli di calcolo, mappe cromosomiche, ecc.)
- Genespring MS per estrazione dati da esperimenti in spettrometria di massa per la determinazione veloce di proteine e biomarcatori.
Scopri di più al sito Agilent
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DNA ANALYTICS
DNA analytics è la piattaforma Agilent per l’analisi di tutti i dati provenienti da esperimenti su DNA genomico: CGH, Chromatin Immunoprecipitation, Metilazione, ecc.
Scopri di più al sito Agilent
Applicazioni e condivisione tecniche su opengenomics
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DNA analytics è la piattaforma Agilent per l’analisi di tutti i dati provenienti da esperimenti su DNA genomico: CGH, Chromatin Immunoprecipitation, Metilazione, ecc.- Supporto di arrays ad alta (244k) ed altissima densità (1M);
- Supporto della CNV (copy number variations);
- Visualizzazione cromosmi e focus su regioni specifiche;
- Possibilità di utilizzo gratuito come genomic browser ;
- Visualizzazione workflow;
- Funzione di filtering per creare, applicare e salvare criteri di selezione dei dati.
Scopri di più al sito Agilent
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